Inicio > Infraestructura > Software

Software Instalado


Software de desarrollo

Logo
Nombre del Software
Descripción
01 Abinit
https://www.abinit.org/
Guía para nuevos usuarios
https://docs.abinit.org/
Tutorial
https://docs.abinit.org/tutorial/
Abinit es una suite de software para calcular las propiedades ópticas, mecánicas, vibratorias y otras propiedades observables de los materiales. A partir de las ecuaciones cuánticas de la teoría funcional de la densidad. ABINIT puede calcular moléculas, nanoestructuras y sólidos con cualquier composición química, y viene con varias tablas completas y robustas de potenciales atómicos.
01 Anaconda
https://www.anaconda.com/download/
Documentación
https://docs.anaconda.com/
Seminario
https://www.anaconda.com/webinars/
Versión Instalada
Anaconda2 4.1.1 (Ser carga Python 3.7 Con las librerías de anaconda)
Anaconda3 4.0.0 (Ser carga Python 3.5 Con las librerías de anaconda)
Anaconda es una distribución libre y abierta de los lenguajes Python y R, utilizada en ciencia de datos, y aprendizaje automático (machine learning). Esto incluye procesamiento de grandes volúmenes de información, análisis predictivo y cómputos científicos. Está orientado a simplificar el despliegue y administración de los paquetes de software.
01 Bowtie
http://bowtie-bio.sourceforge.net/index.shtml
Manual http://bowtie-bio.sourceforge.net/manual.shtml
Versión Instalada
1
2
Este software se encuentra en el paquete BIO - Linux
Bowtie es un alineador de lectura breve ultrarrápida y eficiente en memoria. Alinea secuencias cortas de ADN (lecturas) al genoma humano a una velocidad de más de 25 millones de lecturas de 35 pb por hora. Bowtie indexa el genoma con un índice Burrows-Wheeler para mantener su huella de memoria pequeña: típicamente alrededor de 2.2 GB para el genoma humano (2.9 GB para el extremo emparejado).
01 Blast
https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
Documentación
https://ncbi.github.io/magicblast/
Tutorial
Link
Versión Instalada
2.5.0
Este software se encuentra en el paquete BIO - Linux
BLAST es un software que encuentra regiones de similitud local entre secuencias. El programa compara las secuencias de nucleótidos o proteínas con las bases de datos de secuencias y calcula la significación estadística de las coincidencias. BLAST puede usarse para inferir relaciones funcionales y evolutivas entre secuencias, así como para ayudar a identificar miembros de familias de genes.
01 Blender
https://www.blender.org/
Manual
https://docs.blender.org/manual/en/dev/
Tutoriales
https://www.blender.org/support/tutorials/
Versión Instalada
2.74
2.79
Blender es un software multi plataforma, dedicado especialmente al modelado, iluminación, renderizado, animación y creación de gráficos tridimensionales. También de composición digital utilizando la técnica procesal de nodos, edición de vídeo, escultura (incluye topología dinámica) y pintura digital. En Blender, además, se pueden desarrollar vídeo juegos ya que posee un motor de juegos interno.
01 Canopy
https://www.enthought.com/product/canopy/
Documentación
http://docs.enthought.com/canopy/ Versión Instalada
1.5.2
Canopy está disponible gratuitamente para todos los usuarios bajo la licencia Canopy. Canopy proporciona acceso a más de 450 paquetes de Python preconstruidos, probados y con capacidad de dependencia, incluidos los paquetes científicos y analíticos básicos como NumPy, SciPy, Pandas, Matplotlib e IPython. Incluye un entorno de análisis integrado y un depurador GUI.
01 Charmm
https://www.charmm.org/charmm/
Documentación
https://www.charmm.org/charmm/documentation/
Tutoriales
https://www.charmm.org/charmm/documentation/tutorials/
Versión Instalada
41b2
Charmm es un programa de simulación molecular con una amplia aplicación a sistemas de partículas múltiples con un conjunto completo de funciones de energía, una variedad de métodos de muestreo mejorados y soporte para técnicas de escala múltiple, incluyendo QM/MM, MM/CG, y una gama de modelos de solventes implícitos.
01 CIF2Cell
https://sourceforge.net/projects/cif2cell/
Foro
https://sourceforge.net/p/cif2cell/discussion/1255325/
Versión Instalada
1.2.10
CIF2Cell es una herramienta para generar la configuración geométrica de varios códigos de estructura electrónica a partir de un archivo CIF (Marco de información cristalográfica). Actualmente, el programa es compatible con la producción de varios programas populares de estructura electrónica, incluyendo ABINIT, ASE, CASTEP, CP2K, CPMD, CRYSTAL09, Elk, EMTO, Emocionante, Fleur, FHI- aims, Hutsepot, MOPAC, Quantum Espresso, RSPt, Siesta, SPR-KKR, VASP. También exporta algunos formatos relacionados, como .coo, .cfg y .xyz-files.
01 Comsol
https://www.comsol.com/release/5.3a
Documentación
https://www.comsol.com/documentation
Versión Instalada
5.2a
5.3
Software de pago
COMSOL Multiphysics es un paquete de software de análisis y resolución por elementos finitos para varias aplicaciones físicas y de ingeniería, especialmente fenómenos acoplados, o multifísicos. COMSOL Multiphysics también ofrece una amplia y bien gestionada interfaz a MATLAB y sus toolboxes que proporcionan una amplia variedad de posibilidades de programación, preprocesado y postprocesado.
01 Corsika
https://www.ikp.kit.edu/corsika/index.php
Documentación
https://www.ikp.kit.edu/corsika/70.php
Versión Instalada
74005
74005curved
74005th
74100curved
CORSIKA es un software de física para la simulación de extensas duchas de aire inducidas por rayos cósmicos de alta energía.
01 Crystal
http://www.crystal.unito.it/index.php
Documentación
http://www.crystal.unito.it/documentation.php
Tutoriales
http://tutorials.crystalsolutions.eu/
Versión Instalada
1.0.4
Software de pago
CRYSTAL es un programa ab initio de química cuántica, diseñado principalmente para cálculos en cristales (3 dimensiones), losas (2 dimensiones) y polímeros (1 dimensión) usando simetría traslacional, pero también se puede usar para moléculas individuales.
01 Fluka
http://www.fluka.org/fluka.php
Manual
http://www.fluka.org/content/manuals/online/INDEX-fluka2011.html
Cursos
http://www.fluka.org/fluka.php?id=courses&sub=ALL
Versión Instalada
2011.2c
FLUKA es una herramienta de propósito general para cálculos de transporte de partículas e interacciones con la materia, cubriendo una amplia gama de aplicaciones que abarcan desde protectores de acelerador de protones y electrones hasta diseño objetivo, calorimetría, activación, dosimetría, diseño de detector, sistemas accionados por acelerador, rayos cósmicos, neutrinos Física, radioterapia, etc.
01 FSL
https://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsl/fslwiki
Documentación
https://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsl/fslwiki/Support
Tutoriales y entrenamiento
https://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsl/fslwiki/Support
Versión Instalada
fsl
FSL es una biblioteca completa de herramientas de análisis para datos de imágenes cerebrales de FMRI, MRI y DTI.
01 Gaussian
http://gaussian.com/
Documentación
http://gaussian.com/techsupport/
Tutoriales
http://gaussian.com/videos/
Versión Instalada
09
16
16-rev-b01
gaussian-ib/09
Software de pago
Gaussian es un paquete de software de química computacional de uso general publicado inicialmente en 1970 por John Pople y su grupo de investigación en la Universidad Carnegie Mellon como Gaussian 70.
01 Geant4
https://geant4.web.cern.ch/
Documentación
https://geant4.web.cern.ch/support/user_documentation
Versión Instalada
Geant4-10.1.0
Geant4 es un conjunto de herramientas para la simulación del paso de partículas a través de la materia. Sus áreas de aplicación incluyen alta energía, física nuclear y aceleradores, así como también estudios en ciencias médicas y espaciales.
01 Gulp
http://gulp.curtin.edu.au/gulp/
Ejercicios
https://nanochemistry.curtin.edu.au/gulp/help/examples.cfm
Versión Instalada
4.3
GULP es un programa para realizar una variedad de tipos de simulación en materiales que usan condiciones de contorno de 0-D (moléculas y clústeres), 1-D (polímeros), 2-D (superficies, losas y límites de grano) o 3-D (sólidos periódicos).
01 Hawc2
http://www.hawc2.dk/
Cursos
https://www.hawc2.dk/courses
Manuales
http://www.hawc2.dk/download/hawc2-manual
Versión Instalada
ape-hawc-2.01.01
HAWC2 es un código aeroelástico destinado a calcular la respuesta de la turbina eólica en el dominio del tiempo.
01 Ion Beam Simulator
https://sourceforge.net/projects/ibsimu/
Versión Instalada
1.0.6
Ibsimu es una biblioteca para óptica de iones, extracción de plasma y carga espacial con transporte de haces de iones. - Definición de geometría sólida usando archivos DXF, formulación matemática, etc. - Cálculo de trayectoria de partículas en campos eléctricos y magnéticos. - Iteración de Vlasov para la simulación auto consistente de haces de alta carga espacial.
01 Julia
https://julialang.org/
Documentación
https://docs.julialang.org/en/v1/
Versión Instalada
0.3.11
0.4.2
0.4.6
Julia es el lenguaje de código abierto moderno más rápido para la ciencia de datos, el aprendizaje automático y la informática científica. Julia proporciona la funcionalidad, la facilidad de uso y la sintaxis intuitiva de R, Python, Matlab, SAS o Stata combinados con la velocidad, la capacidad y el rendimiento de C, C ++ o Java. Julia también ofrece capacidades de cómputo distribuidas y paralelas listas para usar, y escalabilidad ilimitada con un mínimo esfuerzo.
01 Lammps
https://lammps.sandia.gov/
Manuales
https://lammps.sandia.gov/
Tutoriales
https://lammps.sandia.gov/
Versión Instalada
16_Mar_2018
LAMMPS es un código de dinámica molecular clásico con un enfoque en el modelado de materiales. Es un acrónimo de Simulador Gran Angular Atómico / Molecular Paralelo. Tiene potencial para materiales de estado sólido (metales, semiconductores) y materia blanda (biomoléculas, polímeros) y sistemas de grano grueso o mesoscópico. Se puede usar para modelar átomos o, más genéricamente, como un simulador de partículas paralelo en la escala atómica.
01 Lumerical
https://www.lumerical.com/
Versión Instalada
8.11
Software de pago
Lumerical desarrolla software de simulación fotónica: herramientas que permiten a los diseñadores de productos comprender la luz y predecir cómo se comporta dentro de estructuras, circuitos y sistemas complejos. La fotónica, la ciencia de la luz y su interacción con la materia, abre muchas posibilidades para las principales compañías tecnológicas del mundo en diversos campos, incluyendo biotecnología, comunicaciones de datos, almacenamiento de información, energía solar, detección ambiental y electrónica de consumo.
01 Mathematica
https://www.wolfram.com/mathematica/
Documentación
https://reference.wolfram.com/language/?source=nav
Capacitación
http://www.wolfram.com/wolfram-u/
Versión Instalada
11.0
Software de pago
Mathematica es un programa de cálculo matemático simbólico, a veces llamado programa de álgebra computacional, que se usa en muchos campos científicos, de ingeniería, matemáticos y de computación.
01 Matlab
https://la.mathworks.com/products/matlab.html
Documentación
https://la.mathworks.com/help/
Tutoriales
https://la.mathworks.com/support/learn-with-matlab-tutorials.html
Versión Instalada
R2016b
Software de pago
MATLAB es una herramienta de software matemático que ofrece un entorno de desarrollo integrado (IDE) con un lenguaje de programación propio (lenguaje M). Entre sus prestaciones básicas se hallan: la manipulación de matrices, la representación de datos y funciones, la implementación de algoritmos, la creación de interfaces de usuario (GUI) y la comunicación con programas en otros lenguajes y con otros dispositivos hardware.
01 Maxima
http://maxima.sourceforge.net/es/
Documentación
http://maxima.sourceforge.net/es/documentation.html
Versión Instalada
5.41.0
Maxima es un sistema para la manipulación de expresiones simbólicas y numéricas, incluyendo diferenciación, integración, expansión en series de Taylor, transformadas de Laplace, ecuaciones diferenciales ordinarias, sistemas de ecuaciones lineales, vectores, matrices y tensores. Maxima produce resultados de alta precisión usando fracciones exactas, números enteros de precisión arbitraria y números de coma flotante con precisión variable. Adicionalmente puede graficar funciones y datos en dos y tres dimensiones.
01 MrBayes
http://mrbayes.sourceforge.net/
Manual
http://mrbayes.sourceforge.net/manual.php
Versión Instalada
3.2.6
MrBayes es un programa de inferencia bayesiana y elección de modelo en una amplia gama de modelos filogenéticos y evolutivos. MrBayes utiliza los métodos de la cadena de Markov Monte Carlo (MCMC) para estimar la distribución posterior de los parámetros del modelo.
01 MRtrix3
http://www.mrtrix.org/
Documentación
https://mrtrix.readthedocs.io/en/latest/
Versión Instalada
mrtrix3
MRtrix3 proporciona un conjunto de herramientas para realizar diversos tipos de análisis de MRI de difusión, desde diversas formas de tractografía hasta análisis de nivel de grupo de próxima generación. Está diseñado teniendo en cuenta la consistencia, el rendimiento y la estabilidad, y está disponible gratuitamente bajo una licencia de código abierto. Es desarrollado y mantenido por un equipo de expertos en el campo, que fomenta una comunidad activa de usuarios de diversos orígenes.
01 NAMD-CPU
https://www.nvidia.com/en-us/data-center/gpu-accelerated-applications/namd/
Versión Instalada
2.1
NAMD es un código paralelo de dinámica molecular diseñado para la simulación de alto rendimiento de grandes sistemas biomoleculares.
01 Nwchem
http://www.nwchem-sw.org/index.php/Main_Page
Documentación
http://www.nwchem-sw.org/index.php/Release66:NWChem_Documentation
Versión Instalada
6.5
6.8
NWChem tiene como objetivo proporcionar a sus usuarios herramientas de química computacional que sean escalables tanto en su capacidad para tratar de manera eficiente grandes problemas científicos de química computacional, como en el uso de recursos informáticos paralelos disponibles desde supercomputadores paralelos de alto rendimiento hasta clusters convencionales de estaciones de trabajo.
01 Octopus
http://octopus-code.org/wiki/Main_Page
Documentación
http://octopus-code.org/wiki/Documentation
Versión Instalada
6.0
Octopus es un programa científico destinado a la experimentación virtual ab initio en una gama de tipos de sistemas cada vez más amplia. Para un rendimiento de ejecución óptimo, Octopus se paraleliza utilizando MPI y OpenMP y puede escalar a decenas de miles de procesadores. También tiene soporte para unidades de procesamiento gráfico (GPU) a través de OpenCL y CUDA.
01 OpenMx
http://www.openmx-square.org/
Notas Técnicas
http://www.openmx-square.org/tech_notes/tech_notes.html
Versión Instalada
3.7.1
OpenMX es un paquete de software para simulaciones de materiales a escala nanométrica basadas en teorías de función de densidad (DFT), pseudopotenciales de conservación de normas y funciones básicas pseudoatómicas localizadas.
01 ORCA
https://orcaforum.cec.mpg.de/
Notas
https://orcaforum.cec.mpg.de/viewtopic.php?f=20&t=3120
Versión Instalada
3.0.3
4.0.1
ORCA es un paquete de programa químico cuántico ab initio que contiene métodos modernos de estructura electrónica que incluyen la teoría funcional de densidad, perturbación de muchos cuerpos, clúster acoplado, métodos de multirreferencia y métodos semánticos de química cuántica. Su principal campo de aplicación es moléculas más grandes, complejos de metales de transición y sus propiedades espectroscópicas. ORCA se desarrolla en el grupo de investigación de Frank Neese. La Version Instalada gratuita está disponible solo para uso académico en instituciones académicas.
01 Quantum Espresso
https://www.quantum-espresso.org/
Documentación
https://www.quantum-espresso.org/resources/users-manual
Tutoriales
https://www.quantum-espresso.org/resources/tutorials
Versión Instalada
5.1.2
6.1
Quantum Espresso es un conjunto integrado de códigos de computadora de código abierto para cálculos de estructura electrónica y modelado de materiales a nanoescala. Se basa en la teoría de densidad funcional, ondas planas y pseudopotenciales.
01 ROOT
https://root.cern.ch/
Documentación
https://root.cern.ch/documentation
Tutoriales
https://root.cern.ch/tutorials
Versión Instalada
root-5.34.26
root-6.10.08
ROOT es un juego de herramientas de software científico modular. Proporciona todas las funcionalidades necesarias para tratar el procesamiento de big data, el análisis estadístico, la visualización y el almacenamiento. Está escrito principalmente en C ++ pero integrado con otros lenguajes como Python y R.
01 SIESTA
https://departments.icmab.es/leem/siesta/
Documentación
https://departments.icmab.es/leem/siesta/Documentation/index.html
Tutoriales
https://root.cern.ch/tutorials
Versión Instalada
4.1-b1
SIESTA es un software para realizar cálculos de estructura electrónica eficientes y simulaciones dinámicas moleculares ab initio de moléculas y sólidos. La eficiencia de SIESTA proviene del uso de conjuntos de bases estrictamente localizados y de la implementación de algoritmos de escala lineal que pueden aplicarse a sistemas adecuados. Una característica muy importante del código es que su precisión y costo pueden ajustarse en un amplio rango, desde cálculos exploratorios rápidos hasta simulaciones altamente precisas que coinciden con la calidad de otros enfoques, como los métodos de onda plana y todos los electrónicos.
01 Silvaco
https://www.silvaco.com/
Webinars
https://www.silvaco.com/webinar/index.html
Versión Instalada
tcad
Software de pago
Silvaco es un proveedor líder de EDA de herramientas de software utilizadas para el desarrollo de procesos y dispositivos y para el diseño de IC de potencia y señal analógica / mixta. La cartera también incluye herramientas para firmar la integridad energética, la reducción de la lista de redes extraída, el análisis de variación y también núcleos de propiedad intelectual (IP) probados en producción.
01 Trinityrnaseq
https://github.com/trinityrnaseq/trinityrnaseq/wiki
Versión Instalada
2.1
2.2
Este software se encuentra en el paquete BIO - Linux
Trinity, desarrollado en el Broad Institute y la Universidad Hebrea de Jerusalén, representa un método novedoso para la reconstrucción de novo eficiente y robusta de transcriptomes a partir de datos de RNA-seq. Trinity combina tres módulos de software independientes: Inchworm, Chrysalis y Butterfly, aplicados secuencialmente para procesar grandes volúmenes de lecturas de RNA-seq.
01 TOPAS
https://www.bruker.com/es/products/x-ray-diffraction-and-elemental-analy...
Versión Instalada
topas2
topas2exts
TOPAS define una nueva generación de software de análisis de perfiles y estructuras integrando sin fisuras, todas las técnicas actuales de ajuste de perfil así como aplicaciones relacionadas.
- Ajuste de una sola línea
- Indexación (métodos de búsqueda LSI y LP)
- Descomposición de patrones de polvo completos (métodos Pawley y Le Bail).
- Determinación de estructura desde el inicio en el espacio directo de polvo y datos de monocristal.
- Refinamiento de estructura Rietveld.
01 Vmatch
http://www.vmatch.de/
Manual
http://www.vmatch.de/virtman.pdf
Versión Instalada
2.3
Vmatch, es una herramienta de software versátil para resolver con eficacia las tareas de coincidencia de secuencias a gran escala. Vmatch incluye la herramienta de software REPuter, pero es mucho más general, con una interfaz de usuario muy flexible y requisitos de espacio y tiempo mejorados.
01 WRF
https://www.mmm.ucar.edu/weather-research-and-forecasting-model
Tutoriales
http://www2.mmm.ucar.edu/wrf/users/supports/tutorial.html
Versión Instalada
3.9.1
WRF es un sistema numérico de predicción meteorológica de mesoescala de nueva generación diseñado para aplicaciones de investigación atmosférica y de predicción operativa. Presenta dos núcleos dinámicos, un sistema de asimilación de datos y una arquitectura de software que admite cómputo paralelo y extensibilidad del sistema.

 

Compiladores

Logo
Nombre del Software
Descripción
01 CMake
https://cmake.org/
Documentación
https://cmake.org/documentation/
Webinar
https://cmake.org/webinars/
Versión Instalada
3.7.1
CMake es una familia de herramientas de plataforma abierta y multiplataforma diseñada para desarrollar, probar y empaquetar software. CMake se utiliza para controlar el proceso de compilación del software utilizando plataformas simples y archivos de configuración independientes del compilador, y genera makefiles y espacios de trabajo nativos que se pueden usar en el entorno de compilación de su elección.
01 Developer Toolset
https://www.softwarecollections.org/en/scls/rhscl/devtoolset-4/
Versión Instalada
4
Developer Toolset está diseñado para desarrolladores que trabajan en la plataforma CentOS o Red Hat Enterprise Linux. Proporciona las versiones actuales de la Colección de compiladores de GNU, el Depurador de GNU y otras herramientas de desarrollo, depuración y supervisión del rendimiento.
01 Developer Toolset
https://www.softwarecollections.org/en/scls/rhscl/devtoolset-4/
Versión Instalada
4
Developer Toolset está diseñado para desarrolladores que trabajan en la plataforma CentOS o Red Hat Enterprise Linux. Proporciona las versiones actuales de la Colección de compiladores de GNU, el Depurador de GNU y otras herramientas de desarrollo, depuración y supervisión del rendimiento.
01 Parallel Studio XE 2015
https://software.intel.com/en-us/articles/intel-parallel-studio-xe-2015-...
Documentación
https://software.intel.com/en-us/parallel-studio-xe/documentation/featur...
Versión Instalada
15.0.1
Intel Parallel Studio Xe es un conjunto integral de herramientas de desarrollo que hace que sea más fácil construir y modernizar el código con las últimas técnicas en vectorización, multihilo, paralelización de varios nodos y optimización de la memoria. Permite a los desarrolladores de software C, C ++, Fortran y Python :
- Crear un código más rápido: mejore el rendimiento de la aplicación que se escala en las plataformas Intel actuales y futuras.
01 Oracle JDK
http://www.oracle.com/technetwork/java/javase/overview/index.html
Documentación
http://www.oracle.com/technetwork/java/javase/documentation/index.html
Versión Instalada
jdk1.8.0_102
Java Development Kit es un software que provee herramientas de desarrollo para la creación de programas en Java. Puede instalarse en una computadora local o en una unidad de red. En la unidad de red se pueden tener las herramientas distribuidas en varias computadoras y trabajar como una sola aplicación.
01 PGI CDK
https://www.pgroup.com/support/release_2015.htm
Documentación
https://www.pgroup.com/resources/docs/18.7/x86/index.htm
Versión Instalada
15.4
Los compiladores PGI ofrecen el rendimiento que necesita en las CPU, con OpenACC y CUDA Fortran para el desarrollo de aplicaciones HPC en sistemas acelerados por GPU.
01 Python
https://www.python.org/
Documentación
https://www.python.org/doc/
Versión Instalada
3.4.3
Versión 2.6.6 (No es necesario cargar el modulo se ejecuta por default)
Versión 3 (Para utilizar el Python 3 hay que cargar el modulo)
Python es un lenguaje de programación multiparadigma, ya que soporta orientación a objetos, programación imperativa y, en menor medida, programación funcional. Es un lenguaje interpretado, usa tipado dinámico y es multiplataforma.

 

Librerías

Logo
Nombre del Software
Descripción
01 FFTW
http://www.fftw.org/
Documentación
http://www.fftw.org/#documentation
Versión Instalada
3.5.6
FFTW es una biblioteca de subrutinas C para calcular la transformada discreta de Fourier (DFT) en una o más dimensiones, de tamaño de entrada arbitrario, y de datos tanto reales como complejos (así como de datos pares / impares, es decir, las transformaciones discretas de coseno / seno o DCT / DST).
01 Glibc
https://www.gnu.org/software/libc/
Documentación
https://www.gnu.org/software/libc/documentation.html
Versión Instalada
2.15
El proyecto GNU C Library proporciona las bibliotecas centrales para el sistema GNU y los sistemas GNU / Linux, así como muchos otros sistemas que usan Linux como kernel. Estas bibliotecas proporcionan API críticas que incluyen ISO C11, POSIX.1-2008, BSD, API específicas del sistema operativo y más.

 

Herramientas

Logo
Nombre del Software
Descripción
  CatDCD
https://www.ks.uiuc.edu/Development/MDTools/catdcd/
Documentación
https://www.ks.uiuc.edu/Development/MDTools/catdcd/
Versión Instalada
4.0
Catdcd funciona de manera muy similar al comando "cat" de Unix: concatena archivos DCD en un único archivo DCD. También puede usar catdcd para escribir solo los átomos seleccionados en el archivo DCD final. Comenzando con la Versión Instalada 4.0, CatDCD ahora se construye como parte del árbol de complementos VMD, y comparte el mismo lector / escritor con VMD. CatDCD 4.0 puede leer/ escribir cualquiera de los formatos de estructura/ trayectoria admitidos por VMD en virtud de la interfaz del complemento.
01 Intel – MPI
https://software.intel.com/en-us/mpi-library
Documentación
https://software.intel.com/en-us/mpi-library/documentation/view-all
Versión Instalada
5.0.2.044
La biblioteca Intel® MPI es una biblioteca de paso de mensajes multifabrica que implementa la especificación MPICH de fuente abierta. Utilice la biblioteca para crear, mantener y probar aplicaciones avanzadas y complejas que funcionan mejor en clústeres HPC basados en procesadores Intel®.
01 Intel – MKL
https://software.intel.com/en-us/mkl
Documentación
https://software.intel.com/en-us/mkl/documentation/view-all
Versión Instalada
11.2.1
Intel Math Kernel Library (Intel MKL) es una biblioteca de rutinas matemáticas optimizadas para aplicaciones científicas, de ingeniería y financieras. Las funciones matemáticas básicas incluyen BLAS, LAPACK, ScaLAPACK, solucionadores dispersos, transformadas de Fourier rápidas y matemáticas vectoriales. Las rutinas en MKL están optimizadas a mano específicamente para procesadores Intel.
01 JAVA - JRE
http://www.oracle.com/technetwork/java/javase/downloads/jre8-downloads-2...
Documentación
http://www.oracle.com/technetwork/java/javase/documentation/index.html
Versión Instalada
Jre
JRE es un conjunto de utilidades que permite la ejecución de programas Java.
01 lbzip2
http://lbzip2.org/
Manual
http://lbzip2.org/man
Versión Instalada
2.5
lbzip2 es una utilidad de compresión gratuita con múltiples subprocesos compatible con el formato de archivo comprimido bzip2.
01 MVAPICH2
http://mvapich.cse.ohio-state.edu/
Guía de usuario
http://mvapich.cse.ohio-state.edu/userguide/
Versión Instalada
2.0
El software MVAPICH2, basado en el estándar MPI 3.1, ofrece el mejor rendimiento, escalabilidad y tolerancia a fallas para sistemas informáticos de alta gama y servidores que utilizan las tecnologías de interconexión InfiniBand, Omni-Path, Ethernet / iWARP y RoCE.
01 OpenMPI – GNU
https://www.open-mpi.org/papers/
Documentación
https://www.open-mpi.org/doc/
Versión Instalada
1.8.4
OpenMPI es una biblioteca estándar para realizar el procesamiento paralelo utilizando un modelo de memoria distribuida.
01 OpenMPI – Intel
https://software.intel.com/en-us/articles/performance-tools-for-software...
Versión Instalada
1.8.4
OpenMPI-Intel es una implementación de código abierto, compatible con los estándares, de paso de mensaje Interface, una especificación de biblioteca para procesos en paralelo o hilos para intercambiar datos en una aplicación paralela. El entorno de destino para Open MPI puede variar dramáticamente en función de la interconexión, los adaptadores, los tipos de nodo, el subsistema de proceso por lotes, etc.
01 OpenMPI - PGI
https://www.pgroup.com/
Versión Instalada
1.8.4
PGI Cluster Development Kit, permite el uso de clusters para abordar la gran aplicación informática científica. Esto incluye un conjunto de compiladores optimizadores para Fortran 77 (pgf77), Fortran 90 (pgf90), Fortran (pgfortran), C (pgcc), C ++ (pgc ++) para compilar, depurar y perfilar MPI e híbridos MPI / OpenMP aplicaciones HPC con mayor apertura fuente implementaciones MPI.
01 QtGrace
https://sourceforge.net/p/qtgrace/wiki/Home/
Versión Instalada
0.24
QtGrace es una Versión Instalada de Grace basada en el Qt-SDK del qt-project. QtGrace / Grace es un programa para mostrar o trazar datos, analizar datos y prepararlos para la impresión.
01 Suitesparse
http://faculty.cse.tamu.edu/davis/suitesparse.html
Versión Instalada
4.5.1
SuiteSparse es un conjunto de algoritmos de matrices dispersas, que incluyen: UMFPACK (factorización LU multifrontal), CHOLMOD (Cholesky supernodal, con aceleración CUDA), SPQR (QR multifrontal) y muchos otros paquetes.