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Software | Laboratorio Nacional de Supercomputo

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BLAST encuentra regiones de similitud entre las secuencias biológicas. El programa compara secuencias de nucleótidos o de proteína a bases de datos de secuencia y calcula la significación estadística

 

  • DDA

 

 

Código en FORTRAN para el cálculo de la absorción y dispersión de luz por partículas irregulares, y su organización periódica.

 

Es un paquete de simulación a nivel mesoscópico para modelado molecular y dinámica de fluidos.

Es un software de propósito general para la simulación de la dinámica molecular, que puede ser ejecutado de manera paralela o en serie.

 

Paquete utilizado para el modelado de cristales de moléculas rígidas, lo que permite la minimización de energía reticular y el cálculo de propiedades derivadas.

 

 

 

Es un paquete versátil para desarrollar operaciones moleculares dinámicas, como la simulación de las ecuaciones Newtonianas del movimiento de sistemas, con millones de partículas. Está diseñado para moléculas como proteínas, lípidos y ácidos nucleícos.

 

Programa para realizar una variedad de tipos de simulaciones de materiales

 

Software que provee rutinas para resolver sistemas simultáneos de ecuaciones lineales, problemas de eigenvalores y de valor singular. También se proveen métodos de factorización de matrices (LU, Cholesky, QR, SVD, Schur, etc)

 

Sistema para la manipulación de sistemas algebraicos, expresiones numéricas, diferenciación, integración, series de Taylor, transformadas de Laplace, sistemas de ecuaciones lineales, polinomios, listas, vectores, matrices, etc. con máxima precisión. Soporta graficación en 2D y 3D.

 

NAMD es un software paralelo y orientado a objetos, diseñado para la simulación de sistemas biomoleculares de gran tamaño, con alto rendimiento.

 

Herramienta para química computacional, escalable en su habilidad para resolver problemas eficientemente de manera paralela en HPC.

 

Software de uso general enfocado a química cuántica con énfasis en las propiedades espectroscópicas de moléculas. Ofrece varios métodos como semiempíricos y métodos ab initio.

 

  • PWscf

 

 

Suite de código libre para el cálculo y modelado de estructuras electrónicas y materiales en nanoescala. Se basa en la teoría de densidad-funcional, onda plana y pseudopotenciales.

 

​​Software matemático utilizado para resolver problemas de álgebra, combinatorias, métodos numéricos, teoría de números, cálculo, etc. Alternativa open source a Mathematica, MATLAB o Maple.

 

 

Software de desarrollo

Compiladores

 

Librerías

 

MPI

 

Lenguajes de programación

  • C
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  • Perl
  • Python
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